第一个问题。

零售业涉及产品包括有形（销售的物品）及无形的（服务）。主要的控制点是产品的符合性（有效期、价格），以及服务的有效性（态度、速度）等。初步建议以下标准可考虑：

ISO9001:2015 (Quality Management System, 质量管理体系)，主要目的是为了对整个零售过程（含采购、售后服务等）进行规范管理。56家门店，规模不小，可以考虑采取集团认证模式，通过部分内容的集中管理和可复制，最大程度地减少各门店管理不一致性带来的风险，减少体系实施过程中的复杂性。

HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point, 危害分析和关键控制点)，强调预防性的食品安全控制体系。从问题中不能看出您们的门店性质（售卖各类物品的大型超市，还是类似7-11的小型零售超市），如果您们的超市售卖较多的生鲜食品，或制作熟食，那么可以考虑。

除此之外，我个人从行业特性来看，认为并无更多必要实施其他标准的认证需求。可能更多地是要对供应商进行二方审核，保证采购产品的质量；同时，接受各种不同政府部门的检查，比如卫生许可、健康许可、安全消防许可、各类检验报告等。

第二个问题没有实例提供。

第三个问题。

这个说来太长了，您可以去查询资料，或者直接咨询一些认证机构。一般说来，至少是要分为两步。第一步，贵方建立了体系并运行了一段时间，有足够的证据证明该体系是满足了法律法规、标准要求，体系在充分性、有效性、适宜性上达到了预期要求并持续改善着，可以考虑申请认证。

这个过程包括方针、目标的建立和监控，文件化体系的建立和运行、内审、管理评审。对于ISO9001，最低需要3个月的绩效监控和趋势分析。

第二步，提出认证申请。通常机构会与贵方沟通，核实相关信息，初步确认认证要求、范围、时间等，报价、排期等。根据组织的规模、行业特点和生产复杂程度，安排一阶段审核，确认组织主要信息、文件化体系的相关状况并评估，通过的话，进行二阶段审核（即现场审核）。

第四个问题。
对于认证机构(Certification Body, CB)来说，第一需要确认其是否有该标准的认证资质。ISO9001理论上所有的机构都有认证资格，但HACCP就不见得都可以。

第二，机构能不能接受认证申请的重要前提是它是否有对应审核代码的审核员。如果没有，则需要经过认可的专家陪同无此代码的审核员一起审核 - 当然审核效果就有可能会打折扣。但是，对于一些冷门行业的认证，这样的情况较为常见。

通常说来，一些大型的认证机构都应该会有认证资格，并提供专业的审核人员及较完善的服务。